商业与政治的规用八持秋冲突。一五九三年，马尼拉总督达斯马里尼亚斯决定实现马德里长久以来的梦想，征服摩鹿加群岛，这是当初雷加斯皮想攫取但未得手的香料中心。
马尼拉的欧洲水手数量不足以完成这项任务，达斯马里尼亚斯于是从前来的中国船上劫持了两百五十名福建商人，让他们充当贾列船的奴隶。马尼拉的中国商人群起抗议，总督于是承诺释放这些水手I但他却从帕瑞安抓走了他需要的人。「第二天，帕瑞安家家户户窗门紧闭，商人也停止营业-在饱受达斯马里尼亚斯的威胁之后，中国人屈服了，他们同意让他征调四百名以上的男子，但他必须保证善待这些人。远征军于-五九三年十月出发。逆风加上海流使航行格外辛苦。总督担心这样的速度无法如动剑为, 为了让这些中国人更宜力-总督还将他们精心编成辎子的头发割下来。「这对中国人来说是极大的侮辱，跟死没什么两样，因为他们最看重自己的头发，」阿根索拉写道：「他们细心照料而且愉快地打理头发，他们对头发的重视不下于欧洲的仕女。」在一场计划周详的译变中，西班牙旗舰上遭受奴役的中国人趁达斯马里尼亚斯及部属酣睡之时杀死他们，然后将船开回福建。
对西班牙人来说，达斯马里尼亚斯的死传达了明确的讯号，那就是中国人既不可信又危险。马尼拉政府于一五九六年驱逐了 一万两千名中国人。但不到几年的工夫，中国人的人数又跟以前一样，马尼拉政府只好计划再做驱逐。反中国移民的激进人士，例如萨拉札主教的继任者贝纳维德斯，他希望把菲律宾群岛上每一个中国人都驱逐出去。他告诉国王，不可以有任何例外。西班牙商人会利用各种漏洞雇用非法移民，他预测-如果法律允许一百名中国人来菲律宾，「岛上就会留下一万名中国人」。
此时，有三名中国高级官员在毫不知情下来到情势恶化的菲律宾。一六0三年五月，他们未告知马尼拉当局，就突然驾着中国战舰前来。他们坐着轿子，一路上有侍卫护送，侧面有乐师鼓手引导；在队伍最前头的两人大声喊着：「众人回避。」一名目撃者说道，帕瑞安的居民如果有人忘了拜俯，这些侍卫就会鞭打他们。这三名到访者分别是福建的军事首长，月港的县长以及来自北京的高阶太监。
皇帝派他们将书信送交马尼拉总督阿库尼亚。很难想象阿库尼亚听到信的内容时做何感想。当时中国流傅一种说法，提到菲律宾的甲米地有座奇山，盛产金银，任人自由开采，因此皇帝才派了这二名官员来确认这座山是否真的存在,从中国史书记戏的令人心惊胆师的内容来判断，这批官员的到访与朝廷内部的党争也有关联——这类型的斗争在明朝已不是第一次。但对西班牙人来说-看到这些中国官员在殖民地到处寻找金银，总觉得他们是一群为了入侵而预先探路的斥候——明朝特色的特洛伊木马。当然这些人绝不像表面上看来那样笨拙，他们内心一定不怀好意。正当总督阿库尼亚想着是否要杀了这些官员时，官员们却为了自己的叨扰致歉，然后迅速离去。
阿库尼亚担心官员的离去是一种攻击讯号，他于是下令部队把太弄近马尼拉城墙的中国民宅拆除，将帕瑞安每一名中国居民登记造册I而且购买或没收中国人的武器。
接下来的事情很难梳理清楚，因为西班牙人与中国人的描述有很大的出入。根据西班牙人的讲法，愤怒的中国人群集在城墙外抗议。阿库尼亚派了七十名士兵，由他的侄子率领前去驱散这些群众。但这群中国暴民却无故攻撃士兵，最后只有四名士兵保住性命，暴民们一哄而散，纷纷逃往马尼拉以外的山区藏匿。政府恢复帕瑞安的秩序之后，派了使者与暴民讲和，但中国人却杀害使者，继续作乱。
官方报告解释政府必须保护民众的安全，因此派出更多部队，山区的中国人顽强抵抗，但他们缺乏武器，因此蒙受了惨重的伤亡。
这场杀戮之后，又过了十一年，明朝地理学家张燮写了一本《东西洋考》，总结了中国的对外关系。
「夷怒，设伏城旁。」中国人吃光了粮食，决定到马尼拉寻找粮食——结果走进了西班牙人的圈套。三百名西班牙人在随后的战争中死去，中国人则有两万五千人死亡，其中绝大多数是福建人。根据张燮的说法，活下来的中国人只剩三百名。紧接着出现了第二波死亡浪潮，福建许多刚死了丈夫的雾妇，许多人想到没钱还债要被卖为奴，于是选择自杀。
难以置信的是，大屠杀似乎没有造成任何影响。就在马尼拉屠杀中国人的数个月后，城
市官员又欢迎新移民前来，西班牙商人也希望中齿船回来—-他时想脂买便宀且的中国嫌绸。赫西的矿埸依然迎作,只已大不如前。
他们的工作情况跟几世纪前没什么差异，不同的是他们现在句探’止角，而非白众・「原先认为必须杀光中国人才能生存下去的西班牙人-此时竟毫不犹豫地要让帕瑞安重新繁荣起来，」研究西中关系的巴塞罗那史学家罗德里格斯于二00七年评论说。在北京，万暦皇帝认为这三名探勘宝山的官员要为帕瑞安屠杀事件负责，于是下令将他们斩首。
皇帝虽然指责西班牙人「擅杀商民」，但他也认为死去的福建人「是卑劣之人，他们忘却国家、故乡、父母、亲族给他们的恩典，在海外多年，从未返回中国」。简单地说，皇帝的意思是这些人不值得国家出兵为他们复仇，更何况政府还需要跟西班牙人交换白银。
不到两年的时间，加雷翁船贸易与帕瑞安又恢复正常。「华人复稍稍往，」《明史》说：「而蟹人利中国互市，亦不拒，久之复成聚。」
由于情势又回到屠杀前的状态，马尼拉的西班牙人还是跟过去一様稀少、依赖与恐惧。最后，他们再度加强对中国人的限制。暴乱不断在帕瑞安发生，紧随其后的则是驱逐与屠杀。这个循环周而复始地在一六三九年、一六六二年、一六八六年、一七0九年、一七五五年、一七六三年与一八二0年发生，每次都造成惨重的伤亡。