从一六五二年起，军队开始进入滨海村落焚烧屋舍，拆毁墙垣，破坏祖先祭坛；家族只有几天的时间搬迁，除了衣物，通常他们什么都无法带走。所有民船都遭到焚毁或凿沉。未依规定迁离者，一律处死。「我们成了流离失所之人，」一部福建家族历史在回顾时写道。而另一部家族史也提到，民众「只是朝着内陆走，直到走不动为止」。「在辗转迁徙下侥幸未死之人，大量-散布在远近不等的区域。」持绩三十年的时间，从海岸线到内陆地区，最远达五十英里的距离，完全没有人居住。这是坚壁清野政策，但不同的地方在于清军摧毁的是敌人的地盘，而非自己的。
对福建来说，沿海地区人口的疏散远比明代海禁来得苛酷。在一六三0年代，也就是在政局大乱与禁止贸易之前，每年至少有二十艘大型中国船开往马尼拉，每艘船载运了数百名商人。在迁界令公布后，数量减少到每年二到三艘，而且都是违法的。与明朝海禁一样，清朝将沿海居民迁往内陆，结果只是将白银贸易拱手让给倭寇。
结果，白银贸易全落入某个海盗手里，这个人就是郑成功。他生于日本，母亲是日本人，父亲是信仰基督教的福建人。郑成功的父亲是当时有名的海盗，因此他一辈子都生活在明朝法律约束之外。当清兵入关时，郑成功发觉倭寇其实比积弱腐败的明朝政府还来得可舞。他在南明政权底下担任海军将领，曾从海上对即将消灭南明的清军势力发动大规模攻击。乏后，他重操旧业，并且聚集了一支舰队。福建一名道明会传教士亲眼目睹，他估计，郑成功的船只大约一万五千艘到两万艘左右，「武装部队约十万人，加上必要的水手，以及八千匹战马。」以原门为据点，这座城市与月港只有丁江之隔，郑成功控制了整个东南沿海——他是名副其实的海贼王。
马尼拉的商人没有别的选择，他们于一六五七年恳求郑成功收购他们的白银。当郑成功的船出现在马尼拉港口时，加雷翁船贸易再度重启。或许是因为分神于对清战争的缘故，郑成功很晚才察觉到两件事：第一，除了他以外，菲律宾的西班牙人没有别的来源可以取得丝绸与瓷器；第二，他是拥有强大武力的海盗头子。直到一六六二年，他才派了个道明会传教士穿着华丽的袍服，装扮成帝国使臣的样子，到马尼拉要求贸易条件变更。跟以前一样，西班牙人愿意给他所有的白银。以此为条件，郑成功答应饶他们一命。在惊慌之下，西班牙政府决定将所有在菲律实的中国人驱逐出境。中国人拒绝离境，并且在帕瑞安堆起街垒。还是跟过去一样，西班牙军队强力围捕中国人，进行屠杀，并且把剩余的人塞进船里，让他们离开马尼拉。这个预防措施事实上证明毫无必要；因为就在两个月后，郑成功出乎意料地死亡，死因或许是疟疾。之后，郑成功的儿子忙于继承权的争夺-也就无暇理会马尼拉的贸易。
清朝实施迁界令，此举对清朝本身也造成灾难性的结果。财政官员慕天颜抱怨说，停止白银贸易等于冻结了金钱供给。由于白银总会耗损、遗失与埋蔵，因此中国金钱的数量实际上不断在减少。慕天颜向皇帝进言：「银日用而日亏，别无补益之路。」当金钱供给减少，每单位的金钱价值变得更高；物价将以通货紧缩的螺旋逐步下跌。慕天颜表示，停止进口白银，「如是求财之裕，求用之舒，何异塞水之源而望其流之溢也？」清朝政府虽然不甘愿，但还是在一六八一年解除禁令。
不过，在此同时，沿海居民早已大量涌入福建、广东与浙江山区居住。不巧的是，这些地区早已有人定居。这里绝大多数居民属于一个不太一样的族群：客家人。客家人以他们的土楼闻名于世I土楼是一种类似堡蛔的建筑群，虽然不全是如此，但绝大多数是以圆形呈现，以土夯筑的外墙可以居住数十户人家，家家户户面向中间的庭院。(今日，这些令人吃惊的建筑物已成为观光景点。)早在迁界令颁布前数十年，福建学者谢肇湖已经发现，山区客家人聚居在每一块可用的土地上：
他们在邻近省分租用不适人居的高地，由于这里地形过于陡峭干燥，因此无法种植稻米。他们砍伐与焚烧树木，然后在裸露的土地上种植现金作物，主要是蓼蓝。经过数年的刀耕火种之后，山区稀薄的土壊肥力就会耗尽，客家人就会继续迁移。(「食尽一山，则他徙，」地理学家顾炎武曾如此抱怨。)当沿海难民涌入山区，高地的迁徙频率也加快了。
没有土地而且贫穷，客家难民被嘲弄地称为棚民。严格来说，棚民不是流民；他们租用位于高地的土地，这些土地的所有人是居住在较肥沃的河谷地区的农民，他们因为不使用而出租这些土地。棚民没有长久的居所，每隔一段时间就会迁徙，从东南方的福建丘陵地带，到西北方黄河沿岸的黄土悬崖，延伸出一条长达一千五百英里以山区为主的弯曲地带。
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