安地斯地区的印第安人与欧洲和北美的人们一样，以烹煮、烘烤或捣成泥的方式来食用马铃薯，但他们也有别的食用方式是高地以外的居民难以得知的。马铃薯经过烹煮、去皮、切块与干燥之后做成马铃薯干点心等；置于静止不动的水里任其发酵数月，制成具有黏性与带有臭味的托可许；捣成泥状，浸泡在翌里，过筛之后制成马铃薯淀粉，在寒冷的夜里把马铃薯散置于屋外令其结冻。当马铃薯膨胀时，马铃薯细胞内部的冰会使细胞壁断裂。马铃薯被早上的日光融化，到了第二天晚上又再度结冻。反复结冻融化的循环使马铃薯变得柔软多汁。农民把水榨出以制作丘纽：坚硬、类似保丽龙的瘤状物，大约比原来的块茎小了三分之二，重量也变轻了。长期接受阳光曝晒，使得马铃薯变成灰黑色；做成一道带辣味的安地斯炖菜，看起来类似阿。 (意大利中部用马铃薯粉做的团子)。丘纽不冷冻也能保持数年之久，这表示它可以储存起来以备荒年之用。这种粮食使印加军队得以不断四向征服。
当时就跟现在一样，在安地斯山区耕作是一场对抗地理的斗争。由于地形陡峭险峻，因此侵蚀是一项持续的威胁。当地几乎有半数的人口在坡度超过二十度的土地上耕作。每当用犁翻土时，翻出来的土块往往会滚落山下。最好的田土 ，也就是土壤最厚的田土 ，都位在自古以来容易崩塌的位置，因此比一般正常的情况更容易引发侵蚀。热带的天气类型使这个问题进一步恶化：干季的雨水太少，雨季的雨水又太多。干季时，风把细微的土壤吹走。湿季时，倾盆大雨冲刷整片山丘，带走养分，使整座河谷泛滥成灾，淹没农作物。
为了管理用水与控制侵蚀，安地斯居民开辟了 一百万英亩以上的梯田。一五七二年，西班牙航海家甘博阿惊异地表示，田地就像阶梯一样嵌进山里，「长约两百步,宽约二十到三十步，邻山壁处筑以石墙，凹处则覆以泥土，这些泥土全从远处运来。我们称这些农地为対豪诗」。这个词也许是安地斯山脉名称的由来。(十五世纪的印第安人使用的方法比二十世纪毛泽东的方式来得适当，因此得到的成果也较佳。)
在的的喀喀湖周围，土地较为平坦与潮湿，原住民社会在此填土造起了近五百平方英里的田地：在矩形的范围内，堆起了 一块块土丘，每块土丘宽数码，长数十乃至于数百码。每个平台之间以沟渠相隔，深两英尺，可供储水之用。在夜里，沟渠里的水仍保持微温。此时，上下起伏的地形与地表温度的差异，形成轻微的空气乱流，在混合了沟渠的暖空气与平台上的冷空气之后，至少可以让作物的温度提高华氏四度(编按：摄氏一,二度)，对于夏日晚间可以低至冰点的地方来说，这样的温度升幅对作物相当有利。
许多地方无法堆起这样土丘，印第安人于是堆起较小的挙或寿、(田箜)，以翻起的土堆成彼此平行的田玺-宽度或许是二英尺，当中隔以同样大小的浅沟。由于美洲没有大型的驯养动物I大羊驼体型太小，拉不动犁，也无法载人——农民只能用锄头或足犁耕田。足犁是一根长木棍,上面附着-根短柄与尖锐的石头或青铜或铜制的尖头，尖头上还有一块踏脚板。在农田上制出一条线，村子里的男性面朝后，举起足犁，将其刺进土里，然后踏在踏脚板上，让犁挖深一点。然后退后一步-同样的动作再做一次，藉这种方式他们弄出了田垄与犁沟。每个男子的妻子或姊妹，拿着锄头或木锤面对着他，把翻起的土块敲成碎片。种在田堕顶端小洞里的是马铃薯的种子或一整块小块茎(每个块茎至少要有一个芽眼，新马铃薯会从芽眼长出来)。神圣的歌曲与讃歌可以调整劳动的步调，让一整排的农人可以井然有序地沿着田野移动。翻土时，农人会一边喝着玉米啤酒，一边嚼着古柯叶。当一块田地的土翻好，村民们便移往下一块田，直到每个人的田土都翻好I这种集体劳动的传统是安地斯社会的特征。
四到五个月后，农民群聚到田里，挖出块茎并且整平田箜，准备种植下一种作物——通常是藜麦，这是安地斯原生的谷物。马铃薯除了果实有毒之外，其他部分均可食用。马铃薯叶可以拿来喂食大羊驼与羊驼，茎成为烹煮用的燃料。有部分燃料会当场使用。在收成后，全家人马上将坚硬的土块堆成十八英寸高的圆顶炉子，把马铃薯的茎、稻草、灌木与木头碎片(西班牙人来美洲之后，居民改用牛粪)放进烂内-用火烘烤土炉，直到变白为止。然后人们把灰烬移开-将刚收成的马铃薯放进炉内烘烤。
安地斯的村民至今仍这么做，黄昏时，炉火发岀亮光，点缀着山丘。热食冒岀的蒸汽盘旋而上，消失在纯净冷冽的空气中。居民将马铃薯蘸着粗盐与可食用的黏土 一起吃。在晚风中，烤马铃薯的香味足可傅到数英里外。
在欧洲人抵达美洲前，美洲原住民烤的马铃薯并不是现代的马铃薯。安地斯居民在不同的高度种植不同种类的马铃薯。村里绝大多数人种的是少数基本类型，但每个人也会种点不同的马铃薯好口味，因此，一马铃启都积在狭小不规荆为田垄上，位于某个高度某个村落种的铃薯，与几英里外位于某个高度另一个村落种的马铃薯相比，看起来完全不同。
当农民种植块茎而非种子时，冒出的新芽是原来植物的复制；在已开发国家整片田野全覆盖了马铃薯，这些马铃薯的基因几乎完全相同。与此相对，秘鲁美洲研究团队发现，在秘鲁中部的一处山谷中，农村家庭平均种植的马铃薯传统种类有十六种，每个地方品种都有自己的名字。宾州州立大学的吉莫勒拜访一些村落的农田，发现有多达二十种地方品种的马铃薯。秘鲁的国际马铃薯中心采取与保存的马铃薯样本超过三千七百种。吉莫勒发现，光是安地斯的一处农地，马铃薯的种类就「超过全美马铃薯种类的十分之九」。(不是所有种植的马铃薯都属于传统种类。农民为了市场而生产现代的爱达荷品种马铃薯，不过他们却形容这种马铃薯淡而无味I这些是给城市里那些粗人吃的。)
因此，安地斯的马铃薯并非单一可辨识的品种，而是许多种基因相近的品种混合在一起构成的。
要从中理岀头绪恐怕会议分类学者(根据生物的演化关系来进行分类的研究者)头痛个几十年。针对安地斯马铃罟进行的深入研究把当地马铃薯做了分类，但这些分类彼此不同且相互矛盾，有人认为有二十一种，有人认为是九种，还有人说是七种、三种与一种，但每一种都可以细分出多重的亚种、群体、种类与形式。四种或许是今日最普遍的说法，不过当中仍存在争议。至于现代的马铃薯，近来最广泛接受的研究认为可以分成八大种，每一种都有独立的名称。
马铃薯的野生种也同样复杂。马铃薯的遗传学者霍克斯在他一九九0年的巨着《马铃薯》中提到，野生马铃薯的种类光是有名称的就多达两百二十九种。但这还不是已确定的数字。在分析了美洲近五千种植物之后，荷兰研究人员于二00八年将霍克斯的两百二十九种马铃薯筛选到只剩十种模糊定义的「物种群」。这些物种群就像低矮的湿地岛屿一样，在广大难以分辨的混种马铃薯沼泽里载浮载沉。这片沼泽从中美洲沿着安地斯山脉直到南美的最南端，「无法找出结构，也无法加以细分」，更别说以生物学课本的典型物种形式来加以介绍。荷兰硏究人员坦承，把野生马铃薯描述成无迹可循的基因沼泽，他们的同事可能「很难就此接受」。
最早踏上安地斯山脉的西班牙人当然不可能察觉这一点，皮萨罗一行人于一五三二年登陆厄瓜多并且攻击印加帝国。征服者注意到印第安人吃着这些圆圆的东西，尽管心中存有
疑虑，还是跟着吃了。新粮食的消息很快传了开来。不到三十年的时间，即使远在加那利群岛，西班牙农夫全开始种植马铃暑，产量之大甚至足以岀口到法国与尼德兰(当时还是西班牙帝国的一部分)。最早对马铃薯进行科学描述出现在一五九六年，瑞士自然学家饱欣为马铃薯取名民间传说德雷克在一场海上劫掠中偷走了西班牙帝国的马铃薯。他后来把马铃薯给了雷利也就是运气不佳的罗阿诺克殖民地创立者雷利要求园丁在他的爱尔兰荘园里种植马铃薯。据说他的厨子在晚餐时端上的是马铃薯有毒的果实，雷利于是下令将菜里的马铃薯全部拔掉丢弃。饥饿的爱尔兰人从垃圾堆里捡起这些马铃薯I显然，德国的德雷克铜像就是从这里来的。表面上，这个故事是无稽之谈；即使德雷克在加勒比地区劫掠时真的拿到几颗马铃薯，在经过几个月的海上航行之后’这些马铃薯恐怕已经死亡。