这些混血儿鲜少具有非洲血统。但这一点不久就会改变——而且速度很快。随着种植园奴隶制的扩展，非洲人在西半球的比例开始提升，非裔印第安人、非裔欧洲人与非裔欧裔印第安人的数量不断增加。到了 一五七0年，墨西哥的非洲人数量是欧洲人的三倍，混血儿是欧洲人的两倍(当然，无论是非洲人还是非欧混血儿，数量都少于印第安人。)七十年后，非洲人数量仍是欧洲人的三倍，但混血儿却是「二十八」倍，其中绝大多数是非裔欧洲人。
某方面来说，西班牙人很快就接受了他们塑造的混血世界。当时的欧洲人没有后世的「种族」概念，他们不认为自己与非洲人或印第安人有任何生物上的差异，他们不担心今日所谓的基因污染。另一方面，他们对原住民与新来者的融合却有着「道德」污染的巨大疑虑。
有人在回忆时提到，西班牙以承诺让印第安人改信，做为合理化征服的理由。但西班牙人不断苛待原住民，显然违背了这项承诺。掌管新西班牙宗教生活的方济会修士提议以种族隔离的方式来解决这个问题：将殖民地分成两个「共和国」，一个是印第安人共和国，一个是欧洲人共和国。少了欧洲人的需索无度，印第安人可以专注于让邻近的印第安城镇改信；西班牙人可以专注于从征服的果实中获取财富。因此，一五三八年，巴斯科基罗加主教将墨西哥城西部山区的三万名印第安人聚集起来，成立一个保留镇，他希望让这个镇成为美洲的乌托邦I这里说的乌托邦确实如字面所言,因为基罗加完全衣照托马斯摩尔在二十一年前出版的《乌托邦》来建立这座城镇。
双元共和国计划的问题，在方济会建立的纯欧洲人城镇普埃布拉最为明显，这座城镇位于由墨西哥城前往维拉克鲁斯的路上。之所以建立这座城市是为了解决西班牙的下层阶民劳动力可以差遣时，有半数居民不愿继续待在普埃布拉。为了完成普埃布拉的建设，建筑师只好引进信托制的劳工(即原住民)。但西班牙人持续离城，教士只好给他们甜头吸引他们留下。最后，每个普埃布拉家庭每星期都能获得四十到五十名印第安工人的服务。普埃布拉的创建原是为了保护印第安工人不受西班牙人剥削，但最后却演变成强制他们为普埃布拉人提供劳动力。印第安人与西班牙人因此再度混居。即使当局能让印第安人与西班牙人分开居住，自由的非洲人仍可扮演套利者的角色，他们利用原住民小区与西班牙小区物价的不同，从中赚取差价利益。
混血人口的稳定成长，对两个共和国构成了讽刺——他们属于哪一边呢？墨西哥各个教堂分别保留了印第安人与西班牙人的洗礼、婚礼与丧礼登记簿。难道教堂还需要准备第三种登记簿吗？更糟的是，混血人口的增加也引发殖民地居民血统纯粹的疑虑。
当时许多西班牙人相信，父母必须将他们的观念与道德感传达给子女，而家庭的气氛可以提高效果。母亲是犹太教徒或穆斯林，或多或少会将犹太教或伊斯兰教的本质传承给自己的子女，即使她从未向他们传布宗教。如果孩子成长的家庭带有犹太人或穆斯林的风俗，例如不吃猪肉或不常洗沐，那么长此以往，孩子内在的污点将愈来愈深刻而渐至无法磨灭。反之，如果孩子拥有基督教父母，食用基督教食物与学习基督教习惯，那么即使他们内心的污点无法去除，至少也能日渐淡化。根据这个观点，非洲人之所以令人疑虑，不是因为他们的非洲基因，而是因为他们的祖先信仰不道德的伊斯兰教异端，使得子孙的内心永远带有污点。
起初，这个观点不认为印第安人带有危险性。因为在哥伦布之前，福音从未传至美洲，因此印第安人的祖先不存在否认上帝的问题。他们不信上帝，是出于无知，而非基于邪恶。而身为无知之人，他们不可能将异端的印记传给自己的子孙。然而经过一段时间之后，许多印第安人显然不愿接受福音，西班牙人对印第安人的看法于是起了变化。在此同时，非洲人与混血儿的数量持续成长。十六世纪支持混血的菁英，在十七世纪时发现周遭不可信任的人口愈来愈多，这才发觉情况已失去控制。在这种情况下，菁英无法像过去一样任由底下的人口无拘无束为所欲为。
种族观是个复杂的主题，需要学者投入大量精力加以阐明。种族这个议题也是相当敏感的历史问题，容易引发猜疑与防卫心。而且不难想见一定会引发诸多争议。以上的简短讨论是我对南卡罗莱纳大学史家马丁尼兹观点的摘要说明，我认为她的分析相当具说服力。肯定会有一些学者不认同她的观点，或至少不同意我简化的版本，但几乎没有人会怀疑殖民社会变得愈来愈多元。殖民地当局也尝试扭转这个尾大不掉的局面。
十六世纪下半叶，西班牙政府开始对混血人口设下限制，禁止他们携带武器、担任修士、从事有名的手艺(丝织业，手套制造业，制针业)与担任公职。一名西班牙肉贩偷斤减两欺骗顾客，要罚二十披索。但拥有印第安人血统的肉贩犯了 一样的罪却要抽打一百鞭。拥有非洲血统的男女，不许在晚间八点以后出现在公共场合，也不许聚集超过四个人。此外，他们每年必须支付特别税I 一种原罪税。
印第安欧洲混血女性不许穿着印第安人服装。非洲欧洲混血女性不许穿戴西班牙风格黄金首饰或高雅的刺绣披风又称、等等诸如此类的禁令，多如牛毛的法规，其中蕴含着过当的恶意与焦虑，西班牙官方以一种吹毛求疵的手法来对付这群桀惊不驯的混血子孙。
随着禁令增多，受限制者的恐怖也随之增加，这又导致更多的禁令与更多的恐惧。教士认为印第安人并非纯洁无知，他们就像犹太人一样，受到祖先非基督教信仰的玷污。或许他们真的是犹太人的子孙，是以色列失落的支派！也许他们当中有些人就像过去伊比利半岛的犹太人一样，从未真心改信基督教。也许他们会与非洲人共谋攻撃基督徒。一五五二年，奥斯定会修士德，维特表示，新西班牙到处都是麦士蒂索人，这些人天生有着不良的根性。这里到处都是黑人男女，他们是奴隶的后裔。这里到处都是娶了印第安女子的黑人男子，他们生下穆拉托人。这里到处都是娶了印第安女子的麦士蒂索人，他们生下种类繁多的「卡斯塔」，而这些混血儿又生下其他无数良莠不齐的混血儿。
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